Իշխան Հակոբ Գերասիմի Բագրատունին ծնվել է 1879 թվականին Ախալցխայում, հայկական ազնվական ընտանիքում, որը սերում էր Բագրատունիների հայ իշխանական տոհմից։ Հայոց Կարինից՝ Էրզրումից 19-րդ դարի սկզբին տեղափոխված այդ իշխանական հնագույն տոհմի նույն շառավիղի անդամներն են հանդիսանում նաեւ Գյումրի-Ալեքսանդրապոլի Բագրատունիները:
Ոսկե մեդալով ավարտելով Թիֆլիսի արական գիմնազիան, Բագրատունին ուսումը շարունակում է Կիևի ռազմական ուսումնարանում, այնուհետև՝ Պետերբուրգի Նիկոլաևյան ակադեմիայում։ Նա մասնակցել է ռուս-ճապոնական պատերազմին, զինվորական տարբեր բարձրաստիճան պաշտոններ է զբաղեցրել Միջին Ասիայում, արժանացել պարգևների: 1917 թվականի Փետրվարյան հեղափոխությունից հետո Բագրատունին գալիս է Պետերբուրգ, որտեղ Կերենսկու Ժամանակավոր կառավարության կողմից նշանակվում է Պետրոգրադի ռազմական օկրուգի շտաբի պետ։ 1917-ի օգոստոսին նրան շնորհվում է գեներալ-մայորի կոչում։ Բագրատունին է եղել հայկական զորամասերի ստեղծման առաջին կազմակերպիչներից մեկը ռուսական բանակում՝ ընտրվելով Հայկական զինվորական կոմիսար և Հայկական ռազմական խորհրդի նախագահ։ Բոլշևիկյան հեղաշրջումից հետո ձերբակալվել է, սակայն շուտով ազատ է արձակվել, կրկին ստանձնել Հայկական զինվորական կոմիսարի պաշտոնը և մինչև 1918-ի սկիզբը ակտիվորեն զբաղվել Հայկական կորպուսին զինվորագրված մարտիկներին Հայաստան ուղարկելով։
1918-ի մարտին Հակոբ Բագրատունին ժամանում է Բաքու՝ Հայաստան անցնելու նպատակով, սակայն թուրք լրտեսները հայ գեներալի դեմ մահափորձ են կազմակերպում, որի հետևանքով նա ծանր վիրավորվում է և կորցնում ձախ ոտքի մի մասը։ Անտեսելով ծանր վերքերը, Բագրատունին մեծ ներդրում է ունենում թուրք-թաթարական միացյալ զորաբանակից Բաքուն պաշտպանելու գործում՝ ընտրվելով Հայոց ազգային խորհրդում։ Շուտով նա դառնում է Կենտրոնական կասպիական կառավարության ռազմական նախարարը` Բաքվի պաշտպանների գերակշռող մասը կազմում էր հայկական զինուժը։ Կովկասյան իսլամական բանակի կողմից սեպտեմբերին Բաքվի զավթումից հետո՝ նա հեռանում է Պարսկաստան: 1918-ի նոյեմբերին՝ Առաջին աշխարհամարտում թուրքերի պարտությունից հետո Բագրատունին վերադառնում է Բաքու և կրկին վերընտրվում Հայոց ազգային խորհրդում։
1919-ի սկզբին նա հրավիրվում է Երևան և ընդգրկվում Փարիզի խաղաղության վեհաժողովում Հայաստանի պատվիրակության կազմի մեջ՝ այս հարցում որոշիչ դեր է խաղացել նաեւ նրա մի քանի լեզուների փայլուն իմացությունը։ Շուտով Բագրատունուն շնորհվում է Հայաստանի Հանրապետության բարձրագույն ռազմական՝ Հայկական բանակի գեներալի կոչում: 1919-ի օգոստոսից նա ստանձնում է Հայաստանի պաշտոնական ռազմական պատվիրակության նախագահի պաշտոնը, որը մեկնում է ԱՄՆ՝ ամերիկյան կառավարության հետ պաշտպանության ոլորտում բանակցություններ վարելու և համագործակցելու նպատակով։ 1919 թվականի նոյեմբերին պատվիրակությունը ժամանում է Նյու Յորք, հանդիպում բազմաթիվ ամերիկյան քաղաքական և հասարակական գործիչների հետ, մասնակցում խորհրդաժողովներին, պնդում Հայաստանին աջակցություն ցուցաբերելու և հայկական պետությունը պաշտոնապես ճանաչելու անհրաժեշտությունը։ Վաշինգտոնում Բագրատունին ԱՄՆ ռազմական նախարարի և պետքարտուղարի կողմից պաշտոնական ընդունելությանն է արժանանում:
Պատվիրակության առաքելության ավարտից հետո գեներալ Բագրատունին վերադարձել է Ֆրանսիա և 1920 թվականին նշանակվել Մեծ Բրիտանիայում Հայաստանի դեսպան, այնուհետև որպես հայկական պատվիրակության անդամ մասնակցել է 1921-ի Լոնդոնի և 1923-ի Լոզանի կոնֆերանսներին: Նա մահացել է 1943 թվականին Լոնդոնում, թաղված է Բրոմփթոնի գերեզմանատանը: Հակոբ Բագրատունու որդին, Լեւոնը՝ Օքսֆորդի համալսարանի բշկագիտության և փիլիսոփայության դոկտոր էր, մահացել է 1964-ին Լոնդոնում:
Ռուբեն Շուխյանի էջից: